2007年1月5日，國家食品藥品監督管理局在京召開了“2006年食品放心工程綜合評價動員會”，標志著2006年全國31個城市綜合評價工作正式啟動。按照國務院部署，國家食品藥品監督管理局會同公安、農業、商務、衛生、工商、質檢、海關、全國整規辦等部門，組成12個評價組，對31個城市（4個直轄市，27個省會（首府）城市）實施食品放心工程情況進行評價。同時對各地落實《國務院辦公廳關于印發2006年全國食品安全專項整治行動方案的通知》（國辦發[2006]24號）要求，開展食品安全專項整治行動情況進行檢查。食品放心工程綜合評價工作已實施三年，對各地開展食品安全工作起到了有力的推動作用。
    國家食品藥品監督管理局副局長惠魯生出席了動員會。惠魯生強調，評價組要認真學習各項評價標準，扎實完成本次評價工作，客觀公正地反映各地食品安全監管現狀。
    2006年食品放心工程綜合評價仍包括管理指標、消費者滿意度指標和品種檢測指標三個方面。此前，中國消費者協會已經對31個城市進行了消費者滿意度調查，有關檢測機構已完成了各地蔬菜、小麥粉、嬰幼兒配方粉和腐竹的評價工作。